Le 7 juin 1884, grâce à la médiation de Raymond Combret, assistant de Charcot et membre de la Société théosophique de Paris, il rencontre Henry Steel Olcott de la Société théosophique à la Salpêtrière. In seinen späteren Jahren führte Charcot vorwiegend psychopathologische Studien über die Hysterie durch. Ses conclusions, bien que partiellement révisées par la suite, ont eu une grande influence sur le développement de la psychiatrie et sur la psychanalyse de son élève Sigmund Freud. C’est l’utilisation clinique de l’hypnose par Charcot pour tenter de trouver une cause organique à l’hystérie qui a suscité l’intérêt de Freud pour les causes psychologiques des névroses.
Freud étudie avec Charcot à la Salpêtrière à partir d’août 1885. S’il a ensuite réussi à faire de sa création, la psychanalyse, une science indépendante, on oublie souvent qu’elle a commencé avec l’étude de l’hypnose par Charcot. D’autres recherches de Charcot sur les états de conscience altérés provoqués par la transe hypnotique ont donné naissance à d’autres disciplines moins conformes à l’esprit matérialiste qu’à l’époque de Freud. Freud a traduit deux des livres de Charcot et y a ajouté des annotations critiques.
Charcot était représentatif de la science dominante du XIXe siècle, qui avait accepté l’hypnose, et il était soucieux de trouver une explication neurophysiologique aux symptômes qu’il observait. Il cherchait une explication purement matérialiste pour laquelle les personnes facilement hypnotisées pouvaient être considérées comme des malades mentaux, et pour laquelle les étapes successives de l’hypnose pouvaient être strictement classées.