Anders als von den Magnetiseuren wie Lafontaine propagiert, glaubte Braid nicht an eine Verwandtschaft zum physikalischen Magnetismus. In seinen Untersuchungen und Experimenten gelang es ihm, sich selbst in einen Trancezustand zu versetzen, sowie Lafontaines Magnetisier-Experiment ohne Körperkontakt zu reproduzieren. Noch im selben Monat, im November 1841, postulierte er eigene, neue Theorien über einen psychophysiologischen Zusammenhang und prägte hierfür den Ausdruck Neurohypnology (Neurohypnotismus, in Anlehnung an das griechische Wort für Schlaf hypnos), welches er später auch zu Neurypnology verkürzte. Braid definierte seinen Neuro-Hypnotismus auch als nervous sleep, der vom natürlichen Schlaf signifikant abweiche. Der heutige Begriff der Hypnose war bereits 1820 in Frankreich von Felix d´Hénin du Cuvillers geprägt worden, und auch Braid verwendete dieses Wort (als hypnosis für den somnambulen Schlaf) der Kürze halber. Im Original seines Buches Neurypnology von 1843 ist entgegen anders lautenden Informationen keine Rede vom Gott des Schlafes Hypnos.
Die verschiedentlichen okkulten Erklärungen rund um das Phänomen lehnte Braid ab, wurde aber dennoch 1842 von dem calvinistischen Prediger Hugh M’Neile mit den „satanischen“, okkulten „Hexern“ wie Lafontaine gleichgesetzt, die das „Werk des Teufels“ praktizierten. Dies veranlasste Braid zu Gegendarstellungen, skeptisch aufgenommenen Berichten an die wissenschaftlichen Vereinigungen, bei denen er Mitglied war, sowie 1843 zur Veröffentlichung seines Buches zu dem Thema. 1844 gab er in Manchester einen vielbeachteten öffentlichen Vortrag.
Um 1852/53 prüfte Braid auch die Experimente von Michael Faraday und William Benjamin Carpenter zur okkulten Praxis des Tischerückens (vergleichbar dem Gläserrücken), welches über lange Zeit mit Geistern erklärt wurde, danach mit einer ektenischen Kraft der Seance-Teilnehmer. Braid bestätigte hingegen die Theorien seiner Kollegen zum ideomotorischen Prinzip.
Zu einer Zeit, als in der medizinischen Anästhesie gerade die allerersten erfolgreichen Versuche durchgeführt wurden, war die Hypnose eine der wenigen Methoden zur Schmerzstillung bei Operationen. In Großbritannien wurde er nach seinem Tod 1860 kaum noch beachtet, in Frankreich hingegen wurden seine Ideen aufgegriffen. Kurz vor seinem Tod hatte Braid seinem französischen Kollegen Étienne Eugène Azam ein heute verlorenes Manuskript über den Hypnotismus, welches Wort er als hypnotism (für das alte mesmerism) benutzte, gesandt.